日本放送协会（NHK）、TBS电视台周五报导，日本爆发小林制药红麴危害健康风波之后，消费者厅针对1700家业者总计约6800种「机能性表示食品」展开调查，截至周五当天凌晨0时，已接获5551件调查结果，从中发现有117件健康损害报告，涉及18种产品，未含小林制药旗下品项。 117件通报并无死亡个案，多为腹泻等轻症，但仍有多人住院治疗。 由于18种商品与健康损害之间的因果关系尚未获得确认，目前不会公布产品名称。 TBS报导，6795件产品已有80%接获业者回复。

小林制药3月22日宣布旗下添加红麴成分的保健食品恐致肾脏疾病，自行回收3款产品，引发民众忧虑。 3月29日，小林制药再度说明，红麴原料发现意料之外的天然化合物「软毛青霉酸」（Puberulic Acid）。 这是剧毒物质，可由青霉菌衍生。 好几家通路自有商品使用了小林制药提供的红麴原料，纷纷采取预防下架措施。

日本消费者厅定义，机能性表示食品是厂商以科学根据为基础的制品，确保食品安全与机能，上市前先向消费者厅报备。 这种类别不同于特定保健用品，政府不会事先审查，摄取量也没有设限。 消费者厅的指南要求业者建立收集健康危害讯息的系统并向政府申报，倘若健康损害风险有迅速扩大之虞，即使信息不够充分，也要尽速申报。